Galatasaray Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Üniversitemiz mühendislik ve temel bilimlerle ilgili anabilim dallarında lisansüstü öğretimi düzenlemek amacıyla 08.07.1997 tarih ve 23043 sayılı Resmi Gazete ‘de yayımlanan Yönetmelik çerçevesinde kurulmuştur. Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye'nin mühendislik ve temel bilimlerdeki uzmanlaşmış personel ihtiyacını giderecek geleceğin bilim adamlarını yetiştirmeyi amaç edinmiştir. 

1997-1998 öğretim yılında Enstitü bünyesinde ilk olarak Endüstri Mühendisliği Yüksek Lisans Programı açılmıştır. Daha sonra ise 2002-2003 öğretim yılında Mühendislik Yönetimi Tezsiz Yüksek Lisans Programı, 2005-2006 öğretim yılında Endüstri Mühendisliği Doktora Programı, 2005-2006 öğretim yılında Bilgisayar Mühendisliği Yüksek Lisans ve Bilişim Teknolojileri Tezsiz Yüksek Lisans Programları açılmıştır. 2011-2012 öğretim yılında ise Lojistik ve Finansman Yüksek Lisans ve Matematik Yüksek Lisans Programlarının açılmasıyla birlikte Enstitümüz bünyesinde 1 doktora programı, 4 tezli yüksek lisans programı, 2 tezsiz yüksek lisans programıyla eğitim vermeye devam etmektedir. Enstitümüz yeni programlarla ve uluslararası işbirlikleriyle büyümeyi hedeflemektedir.